El Convento está ubicado hacia la parte Oeste de Panamá Viejo, cruzando la Vía Cincuentenario, a un costado de las ruinas del Convento de la Compañía de Jesús y diagonal a la Torre de la Catedral. En la antigua ciudad se encontraba situado en la Calle de la Empedrada, una de las más importantes, que accedía directamente a la Plaza Mayor.
A finales del siglo XVI, religiosas provenientes del Convento de Santa Clara de Lima (Perú) llegaron a Panamá, con la intención de prestar amparo y protección a mujeres doncellas y viudas . Con este objetivo se fundó el Convento de las Monjas de la Concepción en 1597. El número de monjas se incremento, razón por la cual se fue ampliando dicho recinto hasta ocupar dos manzanas, con un área aproximada de 6800 metros cuadrados. En el temblor de 1621 sufrió graves daños y su reconstrucción no empezó hasta 1640. Al llegar Henry Morgan en 1671, todo indica que la iglesia estaba sin concluir. Solo habían construido la zona del altar y un pequeño tramo de la nave. Faltaban la torre, algunas paredes y su fachada principal.
Dentro del recinto destacan la iglesia y el aljibe. De la iglesia, que está ubicada a la derecha del sitio, se conservan los muros del presbiterio y el altar, separados por dos arcos de medio punto. Del lado izquierdo del altar se encuentra lo que probablemente fue en planta baja una pequeña capilla u oratorio, y en planta alta un coro o lugar donde las monjas asistían a los oficios religiosos. Opuestas a estas salas, está lo que debió ser la sacristía y el baptisterio. También se distingue claramente parte de la nave y las bases de lo que fueron algunas columnas. El aljibe está ubicado a un costado de la iglesia, en el centro del terreno, donde probablemente se encontraba el patio. Es una construcción cuadrada, con un sistema de arcos y bóvedas rebajadas que servía para almacenar el agua de lluvia. Se puede deducir que su capacidad era de 124000 litros.
En la actualidad, las ruinas del Convento de la Concepción están muy bien conservadas con respecto al resto de los monumentos del Conjunto Monumental Histórico de Panamá Viejo. Según Juan B. Sosa , el Convento de las Monjas llegó a ser por muchas circunstancias concurrentes y favorables un edificio suntuoso entre los dedicados al recogimiento y devoción de la ciudad.
El Plan Maestro sugiere crear núcleos de actividades relacionados con los espacios históricos existentes. Entre ellos se menciona el Convento de las Monjas de la Concepción y surge la idea del proyecto. Su objetivo fue el recuperar, conservar y utilizar estas ruinas. El proyecto de intervención en el Convento de las Monjas de la Concepción fue financiado por Banistmo y duró dos años.
La intervención es fruto de los trabajos realizados en conjunto por arqueólogos, arquitectos, historiadores, ingenieros, restauradores, etc. Se realizaron excavaciones arqueológicas y un levantamiento detallado de las ruinas para analizar el estado del Convento. Cada muro fue fotografiado, medido y dibujado a mano, literalmente metro a metro. También se llevaron a cabo estudios de contenido de sales, porcentaje de humedad, pérdida de material pétreo, estructura y patologías en los muros del Convento.Se concluyó que era necesario realizar trabajos de consolidación con la intención de brindarle mayor seguridad estructural y comprender mejor el aspecto del monumento, utilizando técnicas tradicionales y materiales compatibles con la estructura de fábrica.
Luego de la consolidación, se realizó la intervención arquitectónica que consiste en un entarimado de madera en el altar y capillas laterales; una cubierta (sobre este mismo espacio) de policarbonato, madera y acero; y por último, la pavimentación de la nave con adoquines de cemento.
Este proyecto permite el uso de este espacio para actividades culturales durante el verano como teatros, conciertos, actividades promocionales para el Patronato Panamá Viejo, actividades dirigidas a niños. Además promoverá el turismo e integrará el Convento al área de la Plaza Mayor. El monumento será aprovechado por la comunidad y se valorará su importancia.