El Proyecto Arqueológico de Panamá Viejo tiene como objetivo principal el de interpretar el sitio, su evolución como paisaje producto de la relación seres humanos – ambiente, desde su ocupación prehispánica, pasando por la fundación, uso y abandono como asentamiento colonial, hasta la actualidad. En particular, uno de los objetivos específicos del proyecto está relacionado, justamente, con la comprensión de la evolución del asentamiento, de sus inmuebles y su traza urbana.
Con el fin de responder a estos interrogantes y recolectar información acerca del entramado urbano de la antigua ciudad, se han venido ejecutando intervenciones arqueológicas encaminadas a recuperar la Plaza Mayor y el trazado de las principales vías como la Calle de Santo Domingo, la Calle de la Carrera y la calle de la Empedrada. En este sentido las prospecciones arqueológicas han tenido como objetivos principales, la identificación de niveles de pisos (presencia, ausencia), delimitación de calles y edificios y, detección de estructuras relacionadas con ellas. Paralelamente se han llevado a cabo tareas de limpieza de empedrados en los alrededores de la Plaza, específicamente en la Calle del Obispo, y se han venido aplicando distintas técnicas geofísicas en la localización de estructuras de piedra (pisos de cantos rodados y fundaciones de calicanto). Actualmente, y con el apoyo y asesoría de la Agencia Española de Cooperación Internacional, el trabajo de intervención arqueológica y geofísica se ha complementado con un proyecto arquitectónico de habilitación de un camino peatonal, paralelo a la Avenida Cincuentenario, y un amplio tramo de la Calle de la Empedrada, para unir el Centro de Visitantes con la Plaza Mayor de la antigua ciudad.
Las intervenciones arquitectónicas que se vienen dando en torno a la traza urbana, respetan en gran medida la información arqueológica recuperada, ofreciendo respuestas reversibles y dándole a las ruinas su carácter de ciudad, el cual había perdido a través de los siglos de abandono. La escogencia de materiales contrastantes, como los pavimentos de gravilla, permite identificar, a su vez, la contemporaneidad de la intervención, sin falsear ninguna estructura, facilitando el tránsito de quienes quieren conocer y disfrutar el Conjunto Histórico Monumental de Panamá Viejo.