El sitio es administrado por el Patronato Panamá Viejo, organización sin fines de lucro y de régimen mixto formada por el Club Kiwanis de Panamá, que lo preside, el Instituto Nacional de Cultura (INAC), el Instituto Panameño de Turismo (IPAT) y el Banco HSBC. Su creación en 1995 abrió una nueva etapa en la que entidades privadas y gubernamentales colaboran en su administración.

Objetivos:
Su objetivo principal es la conservación, protección, promoción, desarrollo y puesta en valor del Conjunto Monumental de Panamá Viejo y su transformación en un Parque Arqueológico e Histórico.

El Patronato basa su trabajo en el llamado Plan Maestro, documento rector que delinea las políticas y planes de acción para los próximos años. Siguiendo este plan, el Patronato lleva a cabo un programa permanente de excavaciones arqueológicas y de investigaciones históricas que permiten comprender mejor el sitio. También realiza intervenciones en distintos monumentos, tanto para evitar su deterioro, como para facilitar su interpretación y permitir nuevos usos.

Se han eliminado muchas de las instalaciones discordantes que originalmente existían, tales como un club de equitación, oficinas gubernamentales y una terminal de buses que operaba en los límites del área protegida, pero aún falta por reubicar la Vía Cincuentenario, el Mercado de Artesanías y la antigua gasolinera, crear y desarrollar un sistema de transporte interno y mejorar las condiciones ambientales del sitio. Cuando estas etapas se cumplan, el Parque Arqueológico e Histórico se habrá consolidado.

Para el desarrollo de su trabajo el Patronato cuenta con una Junta Directiva, que es el organismo máximo, una Comisión de Finanzas, que asesora a la Junta Directiva en materia de recaudación de fondos y un Comité Técnico, que se encarga de la evaluación y aprobación de los proyectos de conservación e intervención arquitectónica y de investigación arqueológica.

Cuenta también con una Dirección Ejecutiva que atiende y dirige la operación diaria del Patronato y es la responsable de la programación, planificación y coordinación a corto, mediano y largo plazo de los distintos proyectos, actividades y tareas que se realizan y varios Departamentos especializados como son:

El Departamento de Arquitectura se encarga de la conservación de los monumentos que componen el sitio y para realizar su trabajo toma en cuenta los criterios consignados en el Plan Maestro: mínima intervención, documentación, reversibilidad, distinguibilidad y compatibilidad de materiales y técnicas.

El Departamento de Arqueología es el encargado de fomentar y planificar los programas de investigaciones arqueológicas. Adicionalmente, y mientras se constituyan áreas específicas de curaduría y museología, se encarga de las tareas de catalogación, conservación y manejo de las piezas del museo y de formar las colecciones del museo. La producción de materiales formativos e informativos, junto con la programación de actividades educativas basadas en la investigación continua, constituyen algunas otras responsabilidades del equipo arqueológico.

El Laboratorio de Conservación surge como resultado de la puesta en marcha del programa de investigaciones arqueológicas; su especialidad es el tratamiento de metales y su responsabilidad es la conservación y restauración de los objetos que se rescatan de las excavaciones.